菏泽市中医医院始建于1975年，1979年正式开诊，建院有近50年的历史，占地面积3.5万平方米，建筑面积10.1万平方米，开放床位1100张。1996年12月被国家中医药管理局评为三级甲等中医院，2013年12月、2018年12月、2023年5月通过周期性三甲复审，是菏泽市一家集医疗、教学、科研、预防、康复、养老、急救功能于一体的三级甲等中医医院，是国家中医住院医师规范化培训基地、国家医师资格实践技能考试菏泽基地、山东中医药大学实践技能考试基地。​菏泽市中医医院科室设置齐全，设有临床科室42个，医技科室17个，国家级重点专科3个，省级重点专科10个，市级重点专科、学科24个，齐鲁中医药优势专科集群牵头专科1个、成员专科11个，国家药物/器械临床试验机构1个，医学生殖中心1个。建立王新陆国医大师血浊研究工作室、国医大师李佃贵传承工作室、山东省名中医阎兆君教授工作室、肝胆外科卢俊教授工作室、张师前教授名医工作室、江学良教授博导工作室等。儿科是国家级重点专科，2022年3月获批齐鲁中医药优势专科儿科集群牵头单位，2023年被评为国家中医优势专科建设项目，有山东省名老中医1名，硕士研究生导师两名。生殖中心通过山东省卫健委“试管婴儿”技术正式运行评审，成为菏泽首家准予正式开展此项技术的医疗机构。菏泽中医医院皮肤美容科成立于1985年，是集医疗、教学、科研于一体的皮肤病性病专科，属省级中医重点专科。拥有医护人员31人，其中主任医师1名，副主任医师4名，主治医师1名，住院医师5名，护理19人，其中硕士研究生7名；拥有丹阳路总院皮肤科及中华东路分院皮肤科两个院区合计4间门诊和14间治疗室、65张住院床位，是菏泽地区有独立皮肤科病房的较大规模皮肤科团队。科室先后派医师到山东省中医院，复旦大学附属华山医院，山东省皮肤病医院，上海交通大学附属瑞金医院，广州省中医院进修学习；开展了毛发、皮肤外科等亚专业；目前拥有皮肤镜影像处理系统、冰点脱毛治疗仪，激光生发治疗仪，毛囊提取仪影像处理系统、无针水光仪、308准分子光、紫外线光疗仪（全仓、半仓、局部）、调Q激光、红蓝光治疗仪、高频电离子等先进的现代化治疗设备，开展激光美容、真菌荧光镜检、皮肤肿物切除术、皮肤病理活检、果酸活肤术、过敏原检查（点刺试验+斑贴试验）、高频电离子、液氮冷冻治疗等项目，并开展了中药熏洗、中药封包、火针治疗、埋线治疗、穴位注射、热敏灸、贴棉灸、截根疗法等十多项中医特色治疗项目，凸显了中医特色治疗优势。​